De classis (rayon van een aantal gemeenten) vergadert 2x per jaar, in de ‘ particuliere synode’ (4 regio’s: Noord, Oost, Zuid, West; vergadert 1x per jaar) en de de generale synode (landelijke vergadering) vergadert eens in de 3 jaar). Zij vormen geen permanent bestuur. Zij functioneren alleen wanneer zij vergaderen en zodra die tijd voorbij is, is de leiding van de plaatselijke gemeente (= de kerkenraad) verantwoordelijk. Er is dus geen centrale kerkelijke leiding. In Veenendaal is een bureau voor dienstverlenende doeleinden.
Het kloppend hart van de CGK wordt gevormd door de activiteiten op plaatselijk niveau. Op zondag komt de gemeente samen, met eventuele gasten en andere belangstellenden. Daar wordt beleefd wat het is om kerk te zijn. Hier wordt gepreekt uit de Bijbel. De doop en het avondmaal worden bediend. De gemeente ontmoet God en elkaar. De jongeren van de gemeente krijgen elke week onderwijs (catechisatie) uit de Bijbel en de belijdenis van de kerk.